理想面來看，含過敏原和不含過敏原食品，最好能個別區分廠房，以及有各自的生產線製造，如此就比較容易對過敏原加以管理，但由現實面來看，產品多樣化、經費考量……等等因素，多數的工廠都是共線生產。
而不同產品共線生產時，當然應特別注意食物過敏物質混入、交叉汙染問題產生。以下針對工廠該如何留意並防止過敏原混入或交叉汙染等可能來加以說明。
製造線、製程與設備等之設計與設置： 考量過敏原混入，對半成品、成品、人及空氣之「隔離」應依作業區清潔度區分(zoning)管理。
防止製造中過敏原混入： 製造設備應裝設或設置防止含有過敏原原料、半成品的粉塵、洩漏或飛散之裝置。
機械的衛生設計不要有死角：考量設備清理後，不可有過敏原殘渣殘留，設備最好皆可COP分解清理。
製造設備中與原料和半成品接觸的部分應容易清理： 設備改善遭遇困難，可向食品機械製造公司提出協助改善與改進需求。
讓現場作業員了解對於原料和產品中有關過敏原之資訊及管制： 有利於食品過敏原管制之管理與應用。例如：每年可舉辦至少1~2次過敏原意識培訓，提升現場作業員對過敏原的了解。
合理調整生產計劃排程，避免過敏原殘留物交叉汙染： 【原則一】將含有過敏原產品排於最後生產 / 先生產無過敏原產品 【原則二】將含有相同過敏原相同過敏原之所有產品排列在同一個生產排程與生產線
設置過敏原屏障： - 過敏原料應單獨設立收貨或儲存專區 - 工廠內應分離出過敏原生產區，利用空氣過濾系統去除任何空氣傳播過敏原的機會 - 建議使用真空清潔法(吸塵)，勿用吹塵器，防止生產線汙染 - 不同輸送線上建議加裝隔板防止交叉汙染
加強人員管理： 不同生產線員工服裝可採用不同顏色加強自身區隔與辨識，避免作業人員隨意串門子，以防過敏原交叉污染。 當生產作業員工要進入另一生產線加工時，要嚴格對作業人員進行更換作業服、髮網和工作鞋之管控。
生產線轉換不同產品生產時，要進行徹底清洗：確認無任何殘留。
清洗消毒方法之管理： 清掃用具應專用化，做好標示管理，可區分為含過敏原產線使用以及不含過敏原產線使用。 清掃時也應小心謹慎，不要揚塵以及避免汙染。 清洗時建議使用40-50℃溫水較容易洗掉蛋白質，切記！避免使用高溫熱水，高溫會使蛋白質受熱變性、凝固，反而難以徹底去除。 必要時，可用鹼性洗劑(pH值11以上)來溶解去除蛋白質，但應配合刷洗及清水徹底洗滌，並注意不要有溶劑殘留。
驗證清洗清潔的有效性 每台共用設備須制定有效清洗清潔程序，防止過敏原殘留，並明確指定產品排序並規定使用之清潔劑。 開機前應檢查設備、確認無殘渣殘留；如有產品殘渣，需再次進行清洗。 當產線加入任何新產品，都必須檢查及驗證清洗之有效性。
第三步驟實施食品過敏原追查/檢查方法，可以參考>>>食品過敏原有哪些？該如何標示？產品/原料驗收控管與過敏原檢測追查之SOP
以上內容提供給食品廠商業者，進行食品過敏原製程管理時的考量方式。
<參考資料來源>食品資訊雜誌2021年4月 / 5月食品過敏原於食品工廠的控制